基礎產業投資關鍵的問題是投資和經營方式，它不僅直接關系到投資效率，還決定著投資的資金來源。值得注意的是，不同的投資、經營方式，實際上意味著有不同的成本補償方式。從各國的實踐來看，投資方式主要有: 直接投資，無償提供 即政府直接進行基礎設施投資，免費向公眾提供，政府承擔全部的成本。這是基本的也是傳統的一種政府投資方式。它適宜于那些公眾普遍受益，且受益額大體相等的基礎設施項目。
這時，政府實際上是依靠稅收融資。 直接投資，非商業性經營 即政府直接投資，由政府所屬的特定的公共部門進行非商業性經營。所謂非商業性經營，即不以營利為目的。經營主體向使用者收取等于或小于經營成本的費用。這種方式適宜于那些公眾普遍受益、但受益額不同，具有排他性但又不宜由私人部門經營的基礎設施項目。這時項目成本補償實際有兩種方式:稅收和使用費。
間接投資，商業經營 即政府只提供投資貸款，由私人部門按商業方式投資和經營。它適宜于那些受益對象不夠普遍、具有排他性且適宜私人部門經營的一般性基礎設施和基礎工業項目。這時，項目成本補償實際來源于提供項目服務的價格。 除了以上幾種基本方式以外，在實踐中，基礎產業還有許多其他的組合投資、經營方式，如BOT、政府投融資等。
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